U svrhu ostvarenja misije – promicanja i razvoja civilnoga društva u Republici Hrvatskoj, Nacionalna zaklada pruža sustavnu poršku razvoju civilnoga društva na regionalnim i lokalnim razinama putem nekoliko programa: Programom decentralizacije financijske potpore, Programom regionalnog razvoja i Programom međusektorske suradnje, koji se ostvaruje kroz IMPACT – Europski centar za međusektorku suradnju.

Program decentralizacije financijske potpore razvoju civilnoga društva

Nacionalna je zaklada u okviru ovoga Programa decentralizirala financijska sredstva, predviđena za natječaj za građanske inicijative "Naš doprinos zajednici" na regionalne razine, i u tu svrhu potpisala sporazume s četirima regionalnim zakladama koje decentralizirana sredstva Nacionalne zaklade dodjeljuju putem javnih natječaja zainteresiranim organizacijama na lokalnim razinama.

Program regionalnog razvoja

Potpisivanjem sporazuma o suradnji sa pet regionalnih mreža udruga Nacionalna zaklada putem tih mreža omogućuje svim zainteresiranim lokalnim udrugama (registriranim i neregistriranim) i građanskim inicijativama sustavnu podršku u području informiranja, savjetovanja i izobrazbe dostupne na lokalnim razinama.

IMPACT - Europski centar za međusektorsku suradnju

Nacionalna zaklada Programom međusektorske suradnje, koji se ostvaruje kroz IMPACT – Europski centar za međusektorsku suradnju u Zadru namjerava uspostaviti prvo središte u regiji jugoistočne Europe za izobrazbu o međusektorkoj suradnji, izgradnji suradnje i partnerstva između javnog, poslovnog i neprofitnog sektora. Time se želi dati podrška razvoju međusektorske suradnje kako na nacionalnoj razini, tako i na razini regije jugoistočne Europe.